水師下設三個(gè)支隊：一支隊主水戰，支隊長(cháng)為張墨；二支隊主登陸作戰，支隊長(cháng)為陸順德；三支隊主水上運輸，支隊長(cháng)為黃濤。
二支隊原支隊長(cháng)蘇三娘改為負責管理黑旗軍家眷，支隊長(cháng)之職由陸順德繼任。陸順德追隨羅大綱多年，是羅大綱的心腹愛(ài)將。
二、完善指揮系統。
司令部制度是黑旗軍的獨創(chuàng )，也是黑旗軍戰斗力提升的重要保證。
華夏傳統，部隊通常設置營(yíng)務(wù)處、糧臺。黑旗軍司令部的參謀處、后勤處便類(lèi)似于營(yíng)務(wù)處、糧臺，相當于參謀機關(guān)、后勤機關(guān)，一個(gè)負責指揮打仗，一個(gè)負責后勤補給。
為保證軍隊領(lǐng)導權的集中統一，楊烜在參謀機關(guān)、后勤機關(guān)之外，增設一個(gè)軍政機關(guān)，稱(chēng)之為軍政處。軍政處主要擔負宣傳、教育、監察、人事、獎懲、防奸、保密等職能。
黑旗軍在師、團兩級設立司令部，下轄參謀處、軍政處、后勤處三大機關(guān)。陸師、水師以上，設立總司令部，下設參謀部、軍政部、后勤部三大機關(guān)。
總司令部是黑旗軍的最高領(lǐng)導機關(guān)，首長(cháng)稱(chēng)總司令。毋庸置疑，楊烜為總司令，薛昊仍為副總司令。陸師司令馮可欽兼任參謀部部長(cháng)，楊烜兼任軍政部部長(cháng)，薛昊兼任后勤部部長(cháng)。
參謀部堪稱(chēng)是總司令部的核心部門(mén)，下設作戰處、偵察處、測繪處、火力處、通信處、機要處等下屬部門(mén)。
軍政部排序在參謀部之后，下設人事處、敵工處、紀檢處、保衛處等部門(mén)。敵工處顧名思義，主管對敵工作，包括處置俘虜、策反敵人、情報獲取等。
軍政部敵工處與參謀部偵察處工作職能上存在重疊，這也是楊烜有意為之。搞情報工作，權力容易失控，進(jìn)而反噬母體，故而需要分權。
另外，情報工作極其重要，惹有疏忽，關(guān)乎戰局成敗。同時(shí)設置偵察處、敵工處，可以形成某種程度的競爭、查漏補缺，完善情報工作。
大體上，參謀部偵察處主要側重于軍事偵察，尤其重視交戰前線(xiàn)的偵察。軍政部敵工處主要負責策反敵人、處置戰俘、防范間諜、肅清內奸等工作。
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