就職權上講，敵工處的權力明顯大于偵察處。
后勤處除了負責保障軍餉、糧草、彈藥，還要負責打造軍械、鑄造火炮、制作火藥、修理戰船等工作。相比參謀處、軍政處，后勤處的人員更為龐雜，工作更為具體。
除了參謀、軍政、后勤三大機關(guān)，總司令部還下設很多直屬單位，比較重要的有辦公廳、近衛營(yíng)、軍法處、憲兵隊、講武堂、教導隊等。
辦公廳是總司令部的協(xié)調機關(guān)，對總司令負責。但凡召集開(kāi)會(huì )、確定總司令行程等工作，多由辦公廳承辦。
近衛營(yíng)編制五百人，負責保衛總司令部，位置極為緊要，首任營(yíng)長(cháng)為楊烜親信徐作新。
軍法處負責制訂軍事條例、審判重大軍事案件等工作。
憲兵隊負責維持軍紀，執行軍法處的裁決。
講武堂負責研究軍事理論，培訓正營(yíng)級以上軍官，相當于黑旗軍的軍校，側重于戰略教學(xué)。楊烜親自負責講武堂的工作。
教導隊專(zhuān)門(mén)負責輪訓副營(yíng)級以下軍官，側重于戰術(shù)教學(xué)。
師、團一級司令部，參照總司令部設置，但機構、人員更為精簡(jiǎn)。
三、實(shí)行官兵平等。
官兵平等包括政治上、經(jīng)濟上的平等，軍官愛(ài)護士兵、士兵尊重軍官，團結互助，同甘共苦，增強軍隊凝聚力。
鑒于黑旗軍隊伍壯大，餉銀耗費大，楊烜決定進(jìn)一步壓縮津貼。普通士兵津貼不變，仍為每月一兩銀子。班長(cháng)以上骨干，津貼在原有基礎上減少。楊烜為總司令，餉銀最高，為二兩銀子。
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