就在楊安玄收到戰(zhàn)報(bào)之時(shí)，劉裕已經(jīng)完成了大的布局，除與劉毅、何無(wú)忌等人分享了徐、青、揚(yáng)三州地盤外，任孔靖為會(huì)稽內(nèi)史代替桓玄的親信虞嘯父，讓沈氏兄弟回吳興。
沈家兄弟抵達(dá)烏程后，誅殺同族仇人沈預(yù)一家；又命劉仲道為余姚令，穩(wěn)定三吳地區(qū)。
接著分任劉粹、劉懷慎為沛郡太守和彭城內(nèi)史，防止南燕趁火打劫，也防雍州東進(jìn)；以檀韶為秦郡太守，虞丘進(jìn)為燕國(guó)內(nèi)史，扼守長(zhǎng)江防守桓玄反攻。
劉裕不打算留在朝堂之上，但朝堂之上肯定要留下自己的人，以劉穆之為祠部尚書(shū)郎，領(lǐng)堂邑太守；徐羨之為度支庫(kù)部郎，領(lǐng)軍司馬，掌握朝庭財(cái)權(quán)；臧熹散騎侍郎控制皇城；又以沈田子為鎮(zhèn)軍參事、向靖寧遠(yuǎn)將軍、檀祗振威將軍、孫處振武將軍等人鎮(zhèn)守建康……
天子司馬德宗以及瑯琊王司馬德文都遠(yuǎn)在尋陽(yáng)，劉裕為了讓這些任命變得名正言順，請(qǐng)出被貶彭澤侯的武陵王司馬遵，聲稱受天子密詔，以武陵王司馬遵承制總百官，加侍中、大將軍。
司馬遵入住東宮，代行天子職權(quán)，稱承制，對(duì)劉裕的這些任命照單全收，下令追拿桓氏一族。
三月十日，徐州刺史劉裕率軍返還京口，也就在這一天，桓玄帶著家眷、殘部到達(dá)潯陽(yáng)，江州刺史郭昶之出城相迎，遵照桓玄吩咐給予輜重，補(bǔ)給兵力，桓玄在潯陽(yáng)城稍加喘息。
劉裕命劉毅率何無(wú)忌、劉道規(guī)等人西進(jìn)追擊桓玄，桓玄則令龍?bào)J將軍何澹之、前將軍郭銓與江州刺史郭昶之一起防守湓口。
身在潯陽(yáng)的桓玄惶恐難安，于三月十四日帶了司馬德宗等人離開(kāi)尋陽(yáng)前往江陵。
為掩飾失敗，桓玄撰《起居注》，聲稱自己算無(wú)余策，可惜麾下將士不聽(tīng)調(diào)度，才致使大軍敗亡。
《起居注》寫完后，桓玄命人四處頒布，讓遠(yuǎn)近皆知其神武，反為世人所笑。
南燕，廣固城。司馬休之、劉敬宣等人勾連青州大姓及鮮卑豪帥，準(zhǔn)備刺殺慕容超，推司馬休之為主。
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